Konfokalna mikroskopija roženice omogoča natančen pregled roženice po vseh petih plasteh roženice. Je diagnostična tehnika, ki se opravi brez dotika s površino roženice, razen če se opravlja imerzijska konfokalna mikroskopija, ki pa se opravlja kontaktno. Diagnostična tehnika se uporablja za in vivo ugotavljanja histologije roženice. Metoda se uporablja pri zelo redkih roženičnih boleznih v ambulanti za bolezni roženice.